一、南京火车站
南京火车站位于南京市玄武区龙蟠路111号，是中国铁路枢纽、国家铁路客运一等站、中国十大火车站之一。前临玄武湖，后枕小红山，景观环境优美，是中国唯一临湖依山的火车站，被誉为“中国最美火车站”。
二、南京南站
南京南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是全国铁路客运特等站，连接8条高等级铁路的国家铁道枢纽站，南京南站占地近70万平方米，总建筑面积约45.8万平方米。它紧临南京汽车客运南站，10分钟之内步行，可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
三、南京北站
位于南京市浦口区，是中国唯一保存民国特色的火车站，也是国内首个完整保留历史风貌的“百年老火车站”，被列为中国最文艺的九个火车站之一。浦口火车站始建于1908年，1912年建成通车。中国近代许多重要历史事件均发生在此，朱自清的《背影》；
郭沫若在此中转到南昌去寻找革命同志；孙中山先生灵榇抵此举行迎灵仪式。浦口火车站是当年连接平津冀、鲁豫皖等11省的重要交通枢纽。随着南京长江大桥通车后，浦口火车站逐渐没落。1985年曾恢复部分客运，并更名为“南京北站”。2004年永久性停运。近年来逐渐成为以民国为背景的电影及电视剧的重要外景基地。《情深深雨蒙蒙》、《国歌》、《金粉世家》 等民国题材影视均在此取景。在中国铁路百年史上，浦口火车站和津浦铁路占有很重要的地位。因为它是中国最早最长的一条铁路，而浦口火车站是它南端的终点。车站大楼座落在浦口江边，远瞰南京下关，平吞江濑，实为浦口境内一大观。另外，在浦口区是正在规划一个的新火车站，命名为南京北站，规划为南京江北新区重要的基础设施工程，是未来南京三个大型铁路客运站之一，同时作为江北新区主要客运站。
四、江宁站
江宁站位于南京市江宁区秣陵街道，是宁杭高铁的中间站，隶属上海铁路局南京南站管辖。六、溧水站 溧水站是宁杭铁路客运专线的一个车站，位于南京市溧水区东屏镇金溪路，建于2008年，隶属上海铁路局南京站管辖，现为二等站，北京、上海、杭州、宁波、合肥、温州、福州、厦门、济南、徐州等主要城市的班次都会有，方便了离南京主城区较远的旅客。
五、仙林站
仙林站位于南京市栖霞区仙林大学城仙新路，是南京市的一个铁路车站，是南京南站与南京站的联络线站，隶属上海铁路局南京站管辖。
六、南京西站
南京西站位于南京市鼓楼区下关地区，南京西站于1908年建成投入使用，至今已百年有余。2012年3月24日，随着南京西至厦门的K161次列车驶离南京西站，这座百年老站宣告退出历史舞台。不过，南京供电段、南京西客车整备所、南京东机务段西作业区等还在运行。
七、中华门站 中华门火车站位于南京市雨花台区应天大街339号，是宁芜铁路的起首车站，它在2014年的时候就已经停止客运，只办理货运业务。中华门火车站位于南京市雨花台区应天大街339号，是宁芜铁路的起首车站，是上海铁路局南京东直属站管辖的二等客货运站。1935年，中华门站随江南铁路（宁芜线以及皖赣铁路芜湖至宣城孙家埠段的前身）的建成而同步投入使用。1998年3月，中华门站更名为南京南站，沿袭了浦口火车站改名为南京北站的风气。2011年1月6日：为与2011年开通的南京南站区别，该车站恢复了中华门站的旧称。2014年10月14日起，中华门站停止办理客运业务。
南京有5个火车站，,分别是南京站、南京南站、江宁站、溧水站。截至2020年，南京已形成“一环两跨八线、客货分线”的铁路格局，铁路运营里程476公里，衔接北京、上海、杭州、安庆、合肥（武汉）、郑州6个方向，高铁动车通达全国省会城市比例，与上海、北京并列中国第一。
南京站位于南京市玄武区龙蟠路，南京站南站房东西长270米，南北进深53.5米，站房总建筑面积41000平方米。站房区域设计为超大型的立体式综合交通枢纽，铁路、公路、市内公交、地铁、出租车及社会车辆6种交通方式在此交汇，旅客可在200米内完成换乘。
南京南站是华东地区最大的交通枢纽，国家铁道枢纽站，是亚洲第一大火车站。南京南站将“山水城林”的和谐意境融入现代交通建筑中，屋顶挑棚的方正质朴，列柱空间的巍峨大气。
