根据骡子分公母，是以骡子的父亲为主要依据来判别的。也就是说，如果父亲是马，那么骡子就是公的；如果父亲是驴，那么骡子就是母的。
这样的划分方式主要是基于遗传学方面的考虑。马和驴的染色体数目不同，所以两者不能自由交配繁殖。但如果人工控制交配，可产生马和驴的杂交后代——骡子。因为骡子只有一半来自马，一半来自驴，所以它们的性别表现并非单纯遵循X与Y染色体组，而是受父亲染色体决定。
由于马和驴的染色体不完全匹配，导致骡子的染色体数量、形态及组成亦有所不同，进而对其体形、性格、智商、运动能力等方面产生影响。这一方面也是定性骡子性别的基础。从实称和用途角度分析，采用这种分法也更为科学合理。公骡散发较强的雄性荷尔蒙，使其更具有力量和爆发力，因此用于较为繁重的劳动，如拖拉机、载重工具等。而母骡则较为温和平和，肌肉羽量较小，更容易掌控，因此更适合用来拉东西，作为旅游景点的表演动物等。在一些地方，公骡母骡角色并未得到充分重视和利用，而被当做唯一的标准，显得有些片面。
根据骡子分公母的方法，能够让养殖者和科学家更好地了解骡子及其特点，有利于选择骡子的用途和血统，从而达到更高的生产效益和掌控性。
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